1. 防波堤顶高程设计标准和水工结构设计标准可以不一致么?

防波堤顶高程设计标准和水工结构(防波堤稳定性)设计标准是可以不一样的。但稳定性是前提，明显要比高程更重要，因此稳定性设计标准一般需要更高。
如果文中水工结构和防波堤指的是同一个的话，那很可能是搞反了。

详情参考相关规范条文

GB500740-2014《石油库设计规范》4. 0.8 一级石油库防洪标准应按重现期不小于100年设计；二、三级石油库防洪标准应按重现期不小于50年设计；四、五级石油库防洪标准应按重现期不小于25年设计。

JTS165-2013《海港总体设计规范》5.7.12 除特殊要求外，在确定斜坡堤高程时，设计波高应采用重现期为50年或25年, 波高累积频率应为13% ；直立堤设计波高应采用重现期为50年，波高累积频率应为1% ； 半圆型防波堤设计波高应采用重现期为50年或25年，波高累积频率应为1%，但均不应超过浅水极限波高

JTS154-2018《防波堤与护岸设计规范》
4.1.2 斜坡式防波堤的设计波浪重现期应采用50 年,特殊情况或大水深、重要建筑物设计波浪重现期可采用100年或以上. 
5.1.4 直立式防波堤的设计波浪重现期应采用50年, 特殊情况或大水深、重要建筑物设计波浪重现期应采用100 年或以上. 

JTS145-2015《港口与航道水文规范》
5.5.7除另有规定外，海港工程的极端高水位应采用重现期为50年的年极值高水位;极端低水位应采用重现期为50年的年极值低水位。5.5.7(条文说明) 海港工程的极端高、低水位重现期目前采用50年，有的工程另有特殊规定，例如LNG罐区护岸防浪墙顶高程设计其极端高水位重现期采用100年
6.2.2设计波浪重现期应按下列规定确定:，
6.2.2.1直墙式、墩柱式、桩基式和一般的斜坡式建筑物的强度和稳定性计算,设计波浪的重现期应采用50年。
6.2.2.2破坏后不致造成重大损失的斜坡式护岸等非重要建筑物，其设计波浪的重现期可采用25年
6.2.2.3对于大水深的重要建筑物,重现期100年的波高大于或等于重现期50年的同一波列累积频率的波高1. 15倍时,其设计波浪的重现期可采用100年,且其极端高水位的重现期可相应调整为100年.