微波污水处理技术的基础是“极性分子理论”及“电磁原理”。微波对流体中物质进行选择性馈能，使场内吸波物质的电子加速运动碰撞；而污染物离子在微波场作用下定向排列，减轻或破除电子之间的络合、螯合健能，磁化胶体内粒子从而达到低温催化和加速流体中固、液分离作用；对场内物质的高频振荡从而达到低温杀菌作用，使废水中的有机污质BOD5、CODcr、NH3-N、磷酸盐和硫化物及重金属等转化为沉淀或部分完成了污染物分子形式的转化，经快速沉淀、过滤，从而使污水得以净化。