国家注册的含金量要高，主要是工民建方向，但是适用领域比水利的广，考试难度也大，水利的好考。两者教材不同，大部分差不多。建议先考水利，再考注册的。

本质的区别：前者属于全国监理工程师考试，属国务院建设行政部门管辖，通过后可以注册两个专业，也是最资格的证件，后者为水利部所设的考试，通过后仅能从事水利监理。
考试难度：以我看，两者的难度是有，但不是特别大，因为水利监理工程师前些年不是全国统考，仅培训发证而已，自2006年开始全国统考，2007年开始必须一次通过四门。全国考试的通过率基本在10%左右，而水利部的通过率却在40%左右，就拿2007年考试来说，三控本人考试成绩82分，而51分就能通过，还有其他三门课的分数线均在总分的40~50%以下，所以说是分数线定的太低而已，如果每门课按总分的60%计算的话，估计通过率也不会超过10%.