与门楼相联的礼拜大殿又称奉天坛，占地面积约六百平方米，门楣部分雕刻有阿拉伯文《古兰经》，屋顶早已荡然无存，仅留花岗岩石砌成的大殿四壁和巨大的尖顶窗户。这个大殿上面原来罩着巨大的圆顶，它使清净寺格外宏伟壮观，不幸的是圆顶在1607年泉州的一次8．1级大地震中坍记，迄今未能恢复，殿内的设施和圆顶遗物仍埋于大殿地下，致使大殿现有的地面增高了一米多。墙中有一凹入部分是当年礼拜大殿的讲经台位置，墙壁上典雅方朴的阿拉伯文石刻，全部是《古兰经》经句，这是公元十世纪以前阿拉伯伊斯兰礼拜大殿的流行建筑模式，如今即使在中东阿拉伯地区也很少见。

清净寺的宣礼塔目前仅余塔址，当年，宣礼塔塔形如柱，高耸奇伟，可与广州怀圣寺的光塔媲美，均属于伊斯兰式的建筑风格，十六世纪的中文文献赞美其：“一柱千云，并紫帽峰而作对，七级凌日，参开元塔以为三”。古时，穆斯林宣礼员登上塔尖，－呼百应，夜间塔顶举火，为商舶导航，方圆百里，一目了然，每届秋冬，满戴丝、瓷、茶的商船扬帆离去，或值春秋，装运香料、药村的海舶驶来泉州港，阿拉伯穆斯林齐聚寺内、沐浴更衣，登塔眺望，诵读《古兰经》，祈求并赞感万能的阿拉赐福穆斯林船队一路平安，寺宣礼塔初建为石砌，后记，十六世纪初为木塔，公元1687年又被飓风摧塌。

由于建主礼拜大殿的圆顶无法复，公元1609年穆斯林在寺内增建一间小礼拜殿即“明善堂”，是中式的建筑，因为殿屋狭小，只能容纳三十人祈祷，以致穆斯林常在露天的古大殿内举行主玛礼拜（目前，居住在泉州的穆斯林后裔有3万多人），堂前有一石香炉，原是奉天坛的旧物，后来奉天坛无法蔽风雨，香炉也移置于此。

寺内设有“泉州伊斯兰史迹陈列室”，国内外史学家对泉州考察伊斯兰史迹极为重视，近几年专程来泉州考察伊斯兰史迹的阿拉伯国家友好人士和学者、专家络绎不绝，我们国家领导人也多次亲临泉州视察，并作出重要指示，最近有关方面正在计划重修伊斯兰汪寺，使它恢复历史原貌，更加光彩夺目。

清净寺自创建以来，历代穆斯林相继集资修葺，并勒碑为纪，保存寺内。现寺中还有值得重视的附属文物，如历年遗留下来的汉文和阿拉伯文的石刻，尤为珍贵的是公元1407年明成祖颁发的保护穆斯林和清净寺的《敕谕》碑刻，至今完好无损也嵌置于寺北的墙壁上。