中央空调通风管道系统的清洗是清洗工作中的关键难点，因为通风管道一般在吊顶内，即使不在吊顶内因为风管都是密封连接的，也很难清洗，常采用机械清洗方法。现在常见的清洗方式是从机组的帆布软连接处将检测机器人或气动机器人放置在通风管道内，通过管道外的机器人操控箱控制通风管道内的清洗机器人，对于含尘量较多的管道系统还得用空调风管集尘器彻底收集管道中的垃圾，以防止造成二次污染。

表冷、加热、加湿器、送回风口的清洗不但能提高空气品质，而且还有极强的节能效果。常用的清洗方法为采用气喷式清洗剂，再用高压水或空气进行吹扫，使污浊物迅速溶解并被吹扫掉，然后再用低压水进行冲洗干净。

附着在空调表冷器外表面的污染物含有溶血性链球菌等致病微生物，翅片清洗后大部分流入冷凝水盘，长时间积存会造成水盘的二次污染且伴随异味。因此冷凝水盘清洗也不可忽视。冷凝水盘清洗常用的方法是在冷凝水盘上喷洒清洗剂，然后用清洁水冲洗干净。