因为大部分空调冷却水系统是开式循环系统，冷却水与空气长期接触，空气中的CO2、SO2、NO2、O2等气体便会溶解于冷却水中并呈现酸性及强氧化性（如冷却水泵的叶轮出现气蚀现象），久而久之，冷却水管、填料表面、集水盘形成一种含有嗜肺军团菌、b-溶血性链球菌、藻类、O2+的等致病微生物附着物，严重的腐蚀水管、污染环境（冷却塔附近下酸雨）。因此清洗时采用若酸性清洗剂，采用5‰的弱酸性除垢剂、缓蚀剂、镀膜水溶液清洗三遍，清洗程序同上。

因为空调水管内表面附着的主要是Ca2+、Mg2+、Fe2+等化合物即水垢，属中性。采用8‰~10‰的中性除垢剂、缓蚀剂、镀膜水溶液清洗三遍。第一遍连续循环12小时，第二遍连续循环6小时，第三遍连续循环1小时，并及时检测水质及水管表面情况。一般情况下清洗三遍都能清洗干净，对于长期没有清洗的空调水管在清洗第三遍时应适当延长清洗时间。