由于进入污水处理厂的污水中含有大量细菌、病原菌、寄生虫及病毒等，因此对二级污水处理厂出水消毒是必要的。康澈推荐紫外线消毒技术(UV)。随着紫外线技术的不断发展以及消毒装置在设计上的日臻完善，UV消毒法有望成为代替传统氯消毒的首选方法，目前在重庆已经应用于污水处理工程实践，并取得了较好的效果。
　　目前，国内大多数污水处理厂仍然采用加氯消毒，由于污水中的一些有机物与氯反应，可生成卤代烷等致癌物，这些致癌物在环境中非常稳定，会随水流进入下游城市的给水管网，容易影响人体健康。另外，加氯后，当污水中余氯量太高时，还会杀灭受纳水体中的一些水生生物，破坏水体的生态环境。因此，欧共体很多国家基本上不再对二级出水进行加氯消毒。
　　紫外光消毒技术是基于现代防疫学、医学和光动力学的基础上，利用特殊设计的高效率、高强度和长寿命的C波段紫外光照射流水，将水中各种细菌、病毒、寄生虫、水藻以及其他病原体直接杀死，达到消毒的目的。在小型污水处理厂应用紫外线消毒工艺时，需根据不同的水质采用合理的防结垢措施和清洗装置，建议使用自动清洗功能的UV消毒器。
　　污水处理厂使用的紫外光消毒系统主要包括：紫外线灯及镇流器构成的消毒系统、传感器与PLC构成的实时调节系统、自动清洗系统以及供配电系统四个部分。在灯管的选择方面，一是单支灯管的UVC输出强度越高，所需要的灯管数量越少，投资和运行维护费用越低，建议选择保寿命较长的灯管。
　　另外，污水处理厂水量、水质波动较大，因此进行UVC输出强度的实时调节对节约电耗和延长灯管寿命非常重要。这主要通过灯管的可变输出和传感器的真实反馈来实现。在传感器方面，其位置和波长的选择性极为重要。
　　同时，还需要注意二次污染及事故污染。正常运行时的二次污染来自化学清洗系统中的清洗剂。事故情况下的二次污染发生在灯管破损时汞进入水中，以及液压驱动的自动清洗系统发生泄漏。如果使用的是固态汞合金的汞灯，固定粘附在灯管两端的突起点，灯管破损时不会象液态汞那样流到水中。紫外线消毒系统采用压缩空气为动力的自动机械清洗系统，就不会存在运行期间和事故泄漏造成二次污染的问题。