（1）节水灌溉技术与农业生产体制不相适应。目前我国农村实行联产家庭责任制，人均耕地不到0.15hm2.一个滴灌喷灌工程覆盖的区域内会包含有几十户住户的承包责任地，每户承包地的作物不太一致，所以需水要求也不同，这使得节水工程的运行费用和灌溉管理的分摊带来阻碍。
　　 （2）重视建设轻视管理的现象依然盛行。水利部门和地方政府在取得建设投资的时候很积极，设计工程施工时也很重视，但工程建成之后，轻视管理，造成专项运行维护和管理人员资金不到账，使得大部分工程无法达到其应有的使用寿命，甚至工程成本都无法收回，效益难以在工程中充分的发挥。
　　 （3）管理经营体制落后。有很多节水工程主要依托政府兴建投资，建成以后政府参与管理。政府投入本应该是好事，但是参加、包办管理，让工程管理陷入计划经济旧模式，导致僵化的管理、贪污腐败滋生。
　　 （4）产业结构不及时调整。微灌和喷灌等节水工程具有灌水工效高和灌水质量好的，因而需种植较高经济价值的作物。但是部分工程建成以后，没有及时调整作物种植种类，难以发挥本来的经济效益。
　　 （5）缺乏理论研究。西方发达国家和中国相比，国情特殊，因而不能照抄照搬他国的管理运行模式。我国各地方经济发展水平、作物种类和水资源状况不尽相同，灌溉节水工程管理不会有通用的标准。因而需考虑各地方灌溉管理的共性的地方，以及依据不同情形选择不同的权变准则。比如，不论在哪个地区，微灌或滴灌工程都规定土地采取适当规模运行模式，不管采取节水公司或节水合作社模式，都应该依据准则来选择。当前对于节水工程管理的理论研究还很匮乏，节水工程在操作程序和管理模式选取上还有着一定的盲目性。
　　 （6）管理模式不规范。近年来，节水灌溉管理模式种类很多，细细考究，会发现这些管理模式在应用上缺乏一定的规范，比如，有些灌溉节水项目政企不分，产权不明确，却自动划入公司化的管理；有些灌溉节水公司制定了相当规范的章程，但是实际营运操作中，并没有按运行规则进行管理，没有按要求进行提取大修和折旧费，这样的话，经过若干年的经营，一定会难以维持下去。