一、现阶段水利水电工程管理主要问题
　　(1)工程责任落实不到位、违规操作现象严重
　　在实践中很多企业责任落实缺位现象，不少企业水利水电工程项目建设中虽建立了项目法人，但却未发挥其应有责任。甚至有的企业未设项目法人，工程责任落实未得到真正保障。加之尽管政府相关部门通过行政手段对工程管理进行干预，但往往很多的是重视工期而忽略了对工程质量的监管。另一方面工程招投标管理欠规范，企业施工违规操作现象严重，使得不少不具备相应资质的施工企业参与工程施工，而且在利益驱动下存在大量的违规分包和转包现象，从而实现赚取价差目的。
　　
(2)监管制度不严，工程质量未得到保障
　　实践中监管部门对工程稽查存在范围较小特点，致使影响力也较小。由于部分地区还未将工程质量监督管理机构与其他监督机构分离而独立存在，使得质量监督管理机构普遍存在职权、责任不明确现象，出现稽查整改的到位率不足，监督力度较小，缺乏相应的专业管理人员，质量监测工作还有许多不完善之处亟需改进之处。
　
　(3)工程分包、转包现象严重
　　实践中大量通过层层分包、转包方式使得工程资金被层层剥削和流失，导致部分施工企业为了提高利润而非正常化节省成本，采取偷工减料的方法建设水利水电工程达到获取利润目的。一方面在层层利益需求下致使增加工程成本，另一方面，由于大量偷工减料的存在使得最终会导致后期维修的隐性成本大大增加。
　　
(4)工程验收流于形式、工程资金落实困难
　　水利水电工程作为一项综合性、复杂性的工程，其关系到国家和人民根本利益。但在实践生活中由于工程资金难以及时到位，严重影响工程进度和建设现在十分常见。加之由于层层利益链的存在，不少不合格的水利水电工程被验收通过并投入使用。
　
　二、基于水利水电工程存在问题的解决方式
　　1.依法确定项目法人的主体地位，明确规范其职责范围。建立项目法人和完善项目法人基本管理制度，明确项目法人的权利和义务范围，强化项目法人法律责任。对项目法人建立严格的考评制度和行为的规范管理力度，建立规范的招标程序和制度，严惩和避免出现低价不合理招标行为。对委托招标单位和评标人信用进行严格调查，尽可能和长久合作信用等级较高的委托招标单位合作，制定严格的分包、转包规定，避免或禁止分包和转包的产生。
　
　2.规范水利水电建设市场，加强工程监管体系建设，提高工程监管效率。严格规范项目法人行为，防止其利用水利水电工程进行谋私，损害工程质量。建立行业规范的进入和退出机制，对相关施工企业的相关资质条件进行严格的审查，不具资格者不许参加水利水电工程施工。严格执行三项制度，确保三项制度的落实，保证工程质量。
　
　3.通过拓宽资金来源，保障工程资金需求量。水利水电关系国计民生政府应加大财政支持力度，争取资金的足额配套落实;其次，完善对工程资金的管理制度和具体开支细则，防止相关责任人利用工程窃取工程资金、贪污工程款。完善工程保障制度以及审计制度，确保专款专用。最后，政府鼓励社会闲置资金参与水利水电建设形成全民兴办水利的良好的发展环境。
　　
4.强化法制建设，提升市场信用
　　存在大量违法分包、转包说道底源于相关法制建设不够齐全和施工单位法制意识淡薄，只有认真贯彻执行《建筑法》、《招标投标法》、《建筑工程勘察设计管理条例》、《建筑工程质量管理条例》等法律法规，提高施工单位法制意识和法律责任。其次，要加大多建筑施工企业的工作人员职业道德和诚实守信进行教育，提高其在实践工程中严格按照建筑相关法律法规进行施工，才能在金钱等诱惑下能够保证守业敬业之职业素养。才能规范水利水电工程在设计、施工、监理程序使其实现程序化和规范化，同时严格项目法人责任、投标制度管理、工程监理制和合同管理制，确保工程质量。推进行业信息化建设，做到对水利水电工程管理现实及时、准确、全面的监督管理。最后充分利用现在大众媒介，建立行业自律、媒体、政府相结合的监督体系对水利水电工程进行监督和惩罚力度，建立良好的信用市场。