制药用水系统中，对微生物的控制有其严格要求，控制系统内微生物的量变得很重要。

目前，常用消毒方法有NaClO, H2O2,O3,巴氏。

1.巴氏消毒

即用80℃以上的热水循环1-2h，这种方法行之有效。采用这一消毒手段的纯化水系统，其微生物污染水平通常能有效地控制在低于50CFU/ml的水平。由于巴氏消毒能有效地控制系统的内源性微生物污染。一个前处理能力较好的水系统，细菌内毒素则可控制在5EU/ml的水平。
2.臭氧消毒

在水处理系统中，水箱、交换柱以及各种过滤器、膜和管道，均会不断的滋生和繁殖细菌。消毒杀菌的方法虽然都提供了除去细菌和微生物的能力，但这些方法中没有哪一种能够在多级水处理系统中除去全部细菌及水溶性的有机污染。目前在高纯水系统中能连续去除细菌和病毒的最好方法是用臭氧。
此方法在国内水系统中的应用仅处于起步阶段。在国外，这种消毒方式已非常普遍，这是由于臭氧不会产生有害的残留物。使用臭氧消毒并在用水点前安装紫外灯减少臭氧残留，是制药用水系统、尤其是纯化水系统消毒的常用方法之一
如果有机物含量很高时，臭氧的消耗量将会升高，其消毒能力则下降，因为臭氧将首先消耗在有机物上，而不是杀灭细菌方面。

3.次氯酸钠的杀菌作用
次氯酸钠属于高效的含氯消毒剂。含氯消毒剂的杀菌作用包括次氯酸的作用、新生氧作用和氯化作用。次氯酸的氧化作用是含氯消毒剂的最主要的杀菌机理。含氯消毒剂在水中形成次氯酸，作用于菌体蛋白质。次氯酸不仅可与细胞壁发生作用，且因分子小，不带电荷，故侵入细胞内与蛋白质发生氧化作用或破坏其磷酸脱氢酶，使糖代谢失调而致细胞死亡。
R-NH-R+HC10-RNC+H2O（细菌蛋白质）
次氯酸钠的浓度越高，杀菌作用越强。
而次氯酸钠在水中能解离为次氯酸
NAC10+H2O-NAOH+HC10
所以说次氯酸钠溶液是一种高效的消毒液。

影响次氯酸钠杀菌作用的因素
①、 PH：PH值对次氯酸钠杀菌作用影响最大。PH值愈高，次氯酸钠的杀菌作用愈弱，PH值降低，其杀菌作用增强。
②、 浓度：在PH、温度、有机物等不变的情况下，有效氯浓度增加，杀菌作用增强。
③、 温度：在一定范围内，温度的升高能增强杀菌作用，此现象在浓度较低时较明显。
④、 有机物：有机物能消耗有效氯，降低其杀菌效能。
⑤、 水的硬度：水中的CA+、MG+等离子对次氯酸盐溶液的杀菌作用没有任何影响。
⑥、 氨和氨基化合物：在含有氨和氨基化合物的水中，游离氯的杀菌作用大大降低。
⑦、 碘或嗅：在氯溶液中加入少量的碘或臭可明显增强其杀菌作用。
⑧、硫化物：硫代硫酸盐和亚铁盐类可降低氯消毒剂的杀菌作用。

4.双氧水是强氧化性的，主要成分是过氧化氢，分子式 H2O2 。

消毒原理：迅速氧化破坏细菌的细胞壁从而使细菌死亡。

在网上看了一些资料，感觉各有用处，不知道怎么配置比较合适。