回答：根据《建筑结构基础设计规范》GB 50007-2011，冻土区地基处理应采用以下方法：在地面积水较多或者季节性冻融强烈的情况下，一般采用抗彎强度更高的基础形式，如扩底、折扣、梁板基础等；若地基水平变形严重，应采用自平衡基础；若冻土层厚且稳定，可以采用旁通桩基础等。根据你提供的情况，地基埋在冻深下，需要按照当地的冻土区规范要求进行地基处理。建议你咨询当地的建筑设计院或冻土工程专家，根据实际情况采用合适的地基处理方法，以确保建筑物的安全性和稳定性。

根据我对你的问题的理解，你希望了解在有3.5米厚度的二级自重湿陷性黄土层的情况下，如果基础需要埋在冻深下并进行2.5米的地基处理，具体应该如何处理。根据《建筑地基基础设计规范》（GB 50007-2011）中的规定，在处理类似这种情况的地基时，应该首先对该地基进行分类。根据规范，二级地基应该采取特定的地基处理措施。因此，对于您的问题，我建议您：1. 根据地质工程勘察资料，判定该黄土层属于自重湿陷性黄土层，并结合当前的施工环境，确定地基的类别为二级地基；2. 根据GB 50007-2011规范中针对二级地基的处理，应在地基埋深处设置除霜保温层，来保证整个地基体积在冬季不冻结，其标准为在有冻土作用的地区，未设置人工保温层的深度应至少在地面以下2.5m，因此你的处理方式是正确的；3. 考虑既定建筑结构的施工要求，结合手册要求，采取标准的二级地基处理措施完成基础建设。