青云山隧道分别穿越青云山隧道风景名胜区、藤山自然保护区、老鹰尖自然保护区，区内沟谷众多，地表水发育，隧道埋深100~900m,地质变化频繁，分别有凝灰岩、凝灰熔岩、石英正长斑岩等多种岩层，并受断层破碎