巴塘水电站位于金沙江上游河段四川省和西藏自治区的界河上，右岸为西藏昌都地区芒康县，左岸为四川甘孜藏族自治州巴塘县。巴塘水电站为金沙江上游河段十三级开发的第九级电站，上游为拉哇电站，下游为苏洼龙电站。